A Comissão de Investigação e Processante pode ser instaurada para apurar infrações políticas-administrativa do prefeito, no desempenho de sua função e segue o rito processual determinado pelo Decreto-lei 201/1967.  O procedimento de investigação inicia-se com uma denúncia, que pode ser feita por qualquer eleitor.

Na primeira sessão após o  recebimento da denúncia, o presidente da Câmara determina sua leitura  e votação sobre a abertura da comissão. A decisão é realizada pela maioria dos votos dos vereadores presentes. Na mesma sessão, caso seja aprovada a abertura da comissão, já são sorteados seus membros e eleita a constituição da comissão.

A partir da instauração da comissão, o acusado é notificado para apresentar defesa-prévia. O prazo de 90 dias para conclusão do processo começa a contar da data de notificação do acusado. A notificação deve acontecer em até 5 (cinco) dias e caso o acusado não esteja no município, a notificação é realizada através de publicação em órgão oficial, duas vezes, com intervalo mínimo de três dias entre uma publicação e outra.

O acusado tem o prazo de 10 (dez) dias para apresentar sua defesa por escrito, indicando as provas que pretende produzir, inclusive, com rol de testemunhas. Decorrido o prazo de defesa, a comissão apresenta parecer sobre a continuidade ou não do processo, que deve ser apreciado e votado  pelos demais vereadores.

Caso seja aprovada a continuação do processo de investigação, inicia-se a fase de instrução com diligências, audiências e oitiva das testemunhas arroladas. Após concluída a instrução, a comissão abre prazo de cinco dias para o acusado apresentar suas razões escritas.

Encerrado o prazo para apresentação das razões do acusado, a comissão emitirá parecer pela procedência ou improcedência da acusação, solicitando ao presidente da Câmara a convocação de sessão de julgamento.

Durante a sessão de julgamento, são lidas as peças do processo, e se quiserem, cada vereador terá o tempo de 15 (quinze) minutos para se pronunciarem. O acusado terá o tempo de 2 (duas) horas para fazer sua defesa, pessoalmente ou através de procurador. Em seguida, é realizada a votação nominal, para cada infração denunciada. O acusado será afastado definitivamente do cargo se 2/3 dos vereadores o condenarem em quaisquer das infrações denunciadas.

O presidente da Câmara deverá comunicar à Justiça Eleitoral o resultado do processo, qualquer que seja. Se houver condenação, o presidente expede decreto legislativo afastando o prefeito. Caso o prefeito seja absolvido, o processo é arquivado.

VEJA ABAIXO DO REGIMENTO DA CÂMARA DE ILHÉUS, DO PROCESSO DE PERDA DO MANDATO
Art. 213 – A Câmara processará o Vereador pela prática de infração político ­administrativa definida na legislação incidente, observadas as normas adjetivas, inclusive quorum, estabelecidas nessa mesma legislação. Parágrafo Único ­ Em qualquer caso, assegurar-se-­á ao acusado pleno direito de defesa.
Art. 214 – O julgamento far-­se-­á em sessão ordinária ou extraordinária, para esse efeito convocada.
Art. 215 – Quando a deliberação for no sentido de culpabilidade do acusado, expedir-­se-­á decreto legislativo de perda de mandato, do qual se dará notícia à Justiça Eleitoral.